장로인 이명박 前대통령이 구속되면서 기독교에 대한 국민들의 시선이 곱지 않다. 특히 당시 이명박 前대통령의 기독교 편향이 매우 심했기 때문이다. 아울러 이명박 前대통령을 찬양했던 목사들의 이름이 다시 거론되고 있다. 

이명박 前대통령의 기독교 편향 논란은 임기 초반 때부터 생겼다. 이명박 前대통령이 자신이 다니던 소망교회 목사를 청와대로 불러 예배를 하는 모습이 그러한 인식을 불러 일으켰다. 이 때문에 이명박 前대통령은 한동안 청와대에서 예배를 자중하기도 했다. 그는 서울시장 시절에 “서울시를 하느님께 봉헌하겠다”는 발언이 알려지면서 종교편향 논란이 있었다. 

이명박 前대통령의 기독교 편향에 대한 불교계의 불만은 지난 2008년 8월 27일 서울시청 앞 광장에서 '이명박 정부의 기독교 편향 행위에 항의하는 범불교도대회'로 표출되었다. 당시 대회에는 27개 종단 20여 만 명(경찰 추산 6만 명)의 승려와 불자들이 참가했다. 3일 뒤에는 오대산 상원사의 전 주지 삼보스님이 조계사 대웅전에서 정부의 '종교 차별'에 항의하는 할복을 시도하기도 했다. 범불교도대회 등 불교계의 반발은 지난 2008년 7월 29일 경찰이 촛불시위 관련 수배자를 잡는다며 당시 조계종 총무원장 지관 스님이 탄 승용차를 과잉 검문한 일이 그 원인이었다. 그 일로 당시 불교계의 분노는 극에 달했다. 조계종은 "한승수 총리의 종교 편향 재발 방지 약속이 전혀 실현되지 않고 있다"며, 어청수 경찰청장의 파면과 공개 사과를 요구했었다.

그 후 2011년 3월, 이명박 前대통령은 기독교가 주관하는 국가조찬기도회에 참석했는데, 이 자리에서 목사 앞에서 무릎을 꿇어 논란을 일으켰다. 대통령은 국민의 대표이기 때문에 개인적인 신앙에 의해 아무데서나 무릎을 꿇으면 안된다는 지적이 일었다. 이 사건은 이명박 前대통령의 기독교 편향을 매우 상징적으로 보여준 사건으로 여야를 막론하고 우려의 목소리가 나왔다. 정태근 한나라당 의원은 "국민들이 지켜보는 상황에서 예정에 없던 일이 벌어진 것은 옳지 않다"라고 말했고, 김부겸 민주당 의원도 "우리 사회가 가진 종교적 다원성과 풍요로움이 훼손될 수 있다"며 우려했다.

또 이명박 前대통령 앞에서 '무릎을 꿇자'라고 말한 목사에 대한 비판도 제기됐다. 한나라당 한 중진 의원은 "개신교계가 지나치게 오만해졌다"면서 대한민국 개신교를 전반적으로 비판하기도 했다. 이 때문에 불교계의 반발도 커졌다. 또한 이 사건을 취재하기 위해 MBC 《PD수첩》이 취재에 들어갔으나 갑자기 방송이 취소되고, 담당 PD가 갑자기 징계가 되는 등 언론탄압 논란으로도 확산됐다.

이러한 기독교 편향 논란이 일던 가운데 2010년 10월 실시된 여론조사에서 이명박 前대통령이 다니던 소망교회 신도들은 84%가 '잘 하고 있다'라고 답변한 반면, 이명박 前대통령과 대립해온 불교 봉은사 신도들은 29%만이 '잘 하고 있다'라고 답변하여 기독교 편향에 따른 갈등이 지지율로도 나타났다.

당시 봉은사 주지였던 명진 스님은 "연평도 포격 사태 이후 이 대통령은 국민의 단합을 강조한 것으로 안다. 그러나 현 정권은 포항 등 영남지역과 동지상고·소망교회에 편중된 인사, 빈부 갈등을 심화시키는 정책들, 최악의 남북갈등 상태 조장, 특히 종교갈등까지 부추키고 있다"면서 "입으로는 사회 통합을 말하면서 속으로는 사회를 분열시키고, 갈등을 조장하는 게 현정부다. 아예 얼굴에 철판을 깐 '철판 정권'이다"라고 비판했다.