대한예수교장로회 합동(총회장 소강석) 제105회 총회에서 총신대 운영이사회 환원을 헌의했으나, 정치부 보고에서 "제104회 총회결의대로 함이 가한줄 아오며"라고 보고하자 총대들이 이를 허락했다. 따라서 총신대 운영이사회 폐지는 두번 다시 거론이 불가하게 되었다.

한편 예장합동 제104회 4일째 회무처리에서, 동한서노회 등이 헌의한 총신운영이사회 폐지 및 법인이사회 확대 건에 대한 찬반토론에 이어 결국 투표를 실시한 결과 찬성 670명, 반대 364명으로 총신대운영이사회 폐지를 결의했다. 총신운영이사회 폐지는 김종준 총회장의 공약이기도 했다. 

김종준 총회장은 운영이사회 폐지의 당위성에 대해서, “운영이사회는 교단정치 인사들로 구성되어 제 역할을 하지 못했으며 재단이사회와 갈등을 초래했기에 법인재단이사 단일체제로 전환하는 것이 바람직하다"고 했다. 또 김 총회장은 “총신운영이사회는 법적으로 권한이 없고 그 역할도 다했으며, 학내 사태에도 실제적으로 영향을 미치지 못했고, 재정적으로 학교에 기여하지도 못했다”고 폐지를 강력하게 주장하여 결국 총대들은 김총회장의 손을 들어주었다.

 

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