2020년 7월 9일 송출된 극동방송의 '포괄적 차별금지법 긴급진단프로그램'이 방통위로부터 '공정성'과 '객관성'을 위반했다는 이유로 부당한 법정 제재를 받았다.이에 극동방송은 방통위를 상대로 제재를 취소해달라는 행정소송을 제기했으나 2023년 2월 17일 패소하였다. 극동방송은 곧바로 항소에 들어갔고, 2024년 2월 7일 2심 패소한 후 곧바로 대법원 상고를 한 상태이다.

극동방송에 대한 법원의 제제근거는 문제가 됐던, '포괄적 차별금지법 긴급진단프로그램' 중 “법안이 제정되면 동성애를 반대하는 일반 국민을 모두 범법자로 몰아 형사 처벌뿐 아니라 수천만 원의 이행강제금을 무제한으로 반복하고 엄청난 손해배상금으로 경제적으로 완전히 파산시킬 수 있다”거나 “군대 내 성폭행이 벌어졌을 때 가해자가 동성애자임을 주장하면 처벌을 면하게 되고, 성전환자가 아니어도 여군이라고 주장하며 부당한 전보 조치를 당했다고 주장하면 법안이 적용된다”는 등의 발언이 출연자들의 구성이나 내용에 있어서 대중에게 일방적인 내용만을 알린 것으로 보고 제재한 것이다.

이에 대해 극동방송은 출연진 발언 내용에 관해 “법안이 시행되는 경우 예상되는 결과와 관련해 출연자들의 주관적 의견을 전달한 것이지 사실을 왜곡한 것이 아니다”라며 극동방송 측은 “기독교 복음을 전파하는 목적으로 '전문 편성 허가'를 받은 극동방송이 복음적인 한국교회 상당수의 입장을 반영하는 방송을 송출한 것에 대해 방통위가 부당한 제재를 가했다”고 주장했다.

극동방송이 이번 소송 건에서 최종 패소한다면 차별금지법을 반대하는 많은 한국교회의 목소리에 제동이 걸리게 될 것이라며 기도를 부탁했다. 또한 극동방송은 이번 일을 통해 차별금지법에 대해 한국교회가 갖고 있는 성경적이고 복음적인 입장을 정확히 말할 수 있도록 한국교회의 기도와, 관련 전문가들의 연대와 협력을 요청했다. 한국교회의 복음 전파 사역을 대표하는 극동방송이 성경적인 입장에서 지금까지 이어온 사역을 잘 할 수 있도록, 한국교회가 더욱 기도해야 할 때이다.