한편 대한예수교장로회 합동총회(총회장 전계헌 목사)는 지난 4월 20일 실행위원회를 소집하여 고시부가 헌법대로 강도사고시를 시행하려는 것을 초법적으로 저지하였다. 총회 실행위원회가 총회 상비부를 초헌법적으로 파행하려는 움직임에 대해서 총회개혁연대는 지난 4월 13일 성명을 발표하고 "4월 20일 소집된 총회 실행위원회 때 강도사 고시와 관련한 일체의 결의는 헌법대로 해야 한다. 이번에도 지난 실행위원회 때처럼 헌법을 유린하면 누구도 그 책임을 면할 수 없다."고 경고했었다. 

또 총회 고시부(부장 이종철 목사)는 지난 3월 29일 고시부 임원회의를 개최하여 이번 6월 강도사고시는 현행 헌법대로 시행하기로 최종 확정한바 있다. 이미 지난 1월 고시부 임원회의에서 결정했던 사항이 변동없이 시행된다는 것이다. 

고시부 임원들은 이날 ①강도사고시 진행은 총회헌법과 규칙 및 결의에 준해서 12월 5일 <기독신문>에 공고한대로 하기로 재확인 결의한다 ②총신대 전산시스템 중지로 제출하지 못한 졸업증명서는 총신신대원에 졸업자 명단을 요청하여 확인하기로 한다 ③원서를 접수한 599명의 서류를 확인하고 총신신대원 졸업증명서와 이수증명서 미비자를 파악하기로 결의했다.

따라서 이날 확인된 강도사 고시 서류접수자는 599명(서류미비자 포함)인데 그 가운데 이미 공고한 대로 총신대학교 신학대학원 졸업증명서를 제출한 사람은 262명으로 확인되었다. 이로써 지난 1월 4일 총회실행위원회의 결의에 의한 총회특별교육을 이수한 후보생들이라도 총신대 신대원 졸업장을 제출하지 않은 사람들은 강도사고시에 응시할 수 없게 된다는 의미이다. 약 300여 명이 서류미비로 강도사 고시 응시가 불가능해질 전망이다.  

따라서 교단인준신학대학원(칼빈대ㆍ대신대ㆍ광신대) 졸업자들은 총신대학교 신대원에서 실시한 교육과정을 이수하지 않았고, 대신에 총회신학원 특별교육과정을 이수했다. 이들은 총신대 신대원 특별교육 이수증이 없기 때문에 이번 강도사 고시에 응시할 수 없는 문제가 발생하게 되었다. 이에 대하여 총회 고시부는 "오직 헌법대로 공고한 규정에 따라 시행할 뿐"이라고 대답했다.  

결국 총회실행위원회의 결의에 따른 특별교육과정은 총신신대원 신학생을 구제하는 것이 아니라 오히려 강도사 고시에 응시할 수 있는 자격을 박탈한 결과를 초래하였다. 이에 따라서 총회신학원 운영이사회는 별도로 강도사 고시를 치를 수도 있다는 입장이어서 총신대 사태와 맞물려 상황이 점점 더 복잡해지고 있다.

총회 실행위는 별도로 강도사고시를 치르게할 가능성도 배제할 수 없다. 이렇게 되면 한 교단 안에서 두 군데의 강도사고시를 치르게 되는 초유의 사태가 벌어질 수 있다. 이럴경우 이번 가을 총회에서 이 문제가 어떻게 처리될지 의문이다. 따라서 이번 강도사 고시는 자칫 교단분열의 신호탄이 될 수도 있다고 염려하는 사람들이 많다.